صرح د. محمود عزت نائب المرشد العام للإخوان المسلمين أن موقف الإخوان المسلمين من تحويل المدنيين إلى القضاء العسكري ، هو الرفض القاطع ، وذلك لأنه إجراء غير دستوري ، ولأنه يتعارض مع الإعلان العالمي لحقوق الإنسان الصادر عن هيئة الأمم المتحدة ، ولعدم توافر ضمانات العدالة الكاملة للمتهمين، إضافة إلى أن الإخوان المسلمين كانوا من أكثر الفئات التي اكتوت بنار تحويل المدنيين إلى القضاء العسكري،  فقد سجن مئات من قياداتهم بأحكام استثنائية من هذا القضاء .

وأضاف د / عزت  فى تصريح صحفي وصل موقع ( نافذة مصر نسخة منه ) أن هذا القضاء مؤهل للحكم في قضايا الجرائم والمخالفات التي يرتكبها العسكريون وتلك التي تتم في الثكنات العسكرية .

وأشار إلى أنه كان من المتوقع أن يُغلق هذا الملف تماما بعد قيام الثورة ولا يقدم متهم مدني إلا إلى قاضيه الطبيعي .

وقال : لقد أثار انزعاجنا بشدة خبر إصدار أحكام عسكرية على أكثر من عشرة آلاف شخص خلال الأشهر الستة الماضية، ونحن نطالب بإعادة محاكمتهم أمام القضاء المدني الطبيعي، خصوصا وأن عتاة المجرمين الذين قتلوا المئات ونهبوا الثروات وخربوا البلاد وأذلوا العباد يحاكمون أمام القضاء الطبيعي وتوفر لهم كافة ضمانات العدالة الكاملة .

وأضاف : إن المجلس العسكري له دوران أساسيان الآن، الدور العسكري في حماية الوطن وهذا ما نقدره ونثنى عليه، ثم الدور السياسي في إدارة البلاد في الفترة الانتقالية وهذا ما نطالب أن يتم التعامل فيه بالأسلوب السياسي المعتمد على الحوار والمناقشة وسعة الصدر وتحمل النقد واحترام الحريات العامة التي كفلتها الشرائع والقوانين ، حتى يظل رصيد الحب للمجلس العسكري في نفوس المصريين ثابتا أو يزيد .