تملك وزارة الأوقاف أراضي في جميع المحافظات ، وتخسر الوزارة  مما يقرب من مليار و680 مليون جنيه.
 
ويعد وقف "مصطفى المنان" أكبر وقف في مصر و الذي يبلغ مساحته 420 ألف فدان، ومنتشر في محافظة كفر الشيخ، ودمياط، وغيرهما من محافظات الدلتا، ويتنوع بين الأراضي الزراعية والأراضي الفضاء.
 
ويصل ثمن إيجار فدان الأراضي الزراعية في هذه المناطق إلى 4 آلاف جنيه سنويا، وفقدت وزارة الأوقاف مساحات كبيرة من الوقف بسبب النزاعات القضائية حول ملكية الأرض، واستيلاء خارجين على القانون على بعضها.
 
وفي هذا السياق، قال ممدوح الولي الخبير الاقتصادي ونقيب الصحفيين السابق أن هيئة الأوقاف المصرية حققت خسائر خلال العام المالي الاخير 2013/ 2014 بلغت  3ر37 مليون جنيه، مرجعًا الأسباب إلى نقص السيولة الذي بلغ خلال العام المالي الأخير 2ر4 مليار جنيه، وهو ما يمثل قيمة العجز فى رأس المال العامل، كفرق بين أصولها المتداولة البالغة حوالي 2 مليار جنيه، والتزاماتها المتداولة البالغة 2ر6 مليارات جنيه.
 
وقال في تدوينة له عبر "فيس بوك"رغم أصولها البالغة نحو 5ر8 مليارات جنيه؛ حيث تدير أموال الأوقاف، وتعدد استثماراتها المالية والاسكانية والزراعية ، وبلوغ حقوق ملكيتها 25ر2 مليار جنيه، وعدم اقتراضها من البنوك، فقد حققت هيئة الأوقاف المصرية خسائر خلال العام المالى 2013/ 2014 بلغت 3ر37 مليون جنيه .
 
واستكمل: "بدأ مسلسل الخسائر قبل أربع سنوات والذى بدأ بقيمة حوالى 8 ملايين جنيه، لترتفع الخسائر بالعام التالي إلى 18 مليون جنيه، ثم إلى 29 مليون جنيه، ثم الى 37 ملون بالعام بالعام المالي الأخير" .
وأضاف: ولا تتسق خسائر الهيئة مع تنوع أصولها والتى بلغت قيمتها 479ر8 مليارات جنيه، منها 9ر3 مليارات جنيه أصول ثابتة، و2ر1 مليار جنيه مشروعات تحت التنفيذ خاصة في مجال الوحدات الإسكانية، بجانب 3ر1 مليار جنيه استثمارات طويلة الأجل خاصة في المجال المالي بإقتناء محفظة ضخمة من أسهم الشركات والاستحواذ على شركتي سجاد دمنهور والمحمودية للمقاولات .